盟主杯的起源是緣自原台南市慢速壘球五大聯席會，在年終之時會舉辦各聯誼會的冠軍隊對抗與明星隊對抗之比賽。

100年原臺南縣、市合併為臺南市，原本的縣市本有各10餘個聯誼會分佈在溪北、溪南、府城這三大區域，縣市合併後的委員會由吳志祥主任委員擔任籌組，吳主任委員為使各聯誼會不致因為區域的相隔而沒有互相交流的機會，合併之後的臺南市體育總會慢速壘球委員會即邀請臺南市各慢壘聯誼會、協會的年度冠軍來參加盟主杯，原意即是讓各聯誼會、協會的冠軍來以球會友、一較高下，盟主杯冠軍即是冠軍中的冠軍。